Cartographie des contacts de la chromatine : 3C, 4C et 5C
Il est démontré que l’état de la conformation 3D de la chromatine joue un rôle régulateur sur l’expression des gènes, la réplication et la réparation de l’ADN pour une condition biologique donnée de la cellule.
La méthode de « capture » de l’organisation 3D de la chromatine, dite « 3C », permet d’identifier les points de contacts de la chromatine au niveau d’une région d’intérêt. Des conformations en boucle de chromatine et les interactions entre plusieurs régions régulatrices ont été ainsi mise en évidence. A partir de ce même principe ont été développées les techniques 4C et 5C pour interroger des réseaux de connections entre régions très distantes et pour les adaptées au séquençage à haut débit (Sati & Cavalli 2016).
La méthode 3C-seq est basée sur l’immobilisation de la conformation de la chromatine et le séquençage des régions d’interaction .
La chromatine est figée dans sa conformation 3D avec du formaldéhyde (crosslinking). L’ADN est fragmenté par digestion enzymatique (HindIII le plus souvent). L’étape suivante est une ligation contrôlée pour favoriser une ligation intramoléculaire des fragments de restriction. Selon l’approche choisie, l’ADN est ensuite séquencé après amplification PCR pour l’étude des interactions d’un locus spécifique ou après sonication et sélection de taille pour une étude plus globale des interactions de la chromatine.
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