Plateforme de bio-informatique de Rennes
Expertise
La plate-forme GenOuest offre un panel complet de prestations en bio-informatique : expertise, développement, formation, puissance de calcul.
Elle s’intéresse particulièrement aux nouvelles modalités de calcul (virtualisation, cloud computing, portails de calcul) ainsi qu’à la gestion des données et des métadonnées en Biologie. Les interactions fortes avec les plateformes de génomique environnementale et de génomique médicale de Biogenouest ont permis de développer des compétences dans le domaine du séquençage à haut débit. Grâce à un partenariat étroit avec des équipes projets de l’IRISA/INRIA, notamment avec l’équipe GenScale, la plateforme GenOuest peut également proposer de nouveaux outils pour accélérer le traitement des données NGS.
Equipements
La plateforme GenOuest propose plusieurs clusters pour les traitements bioinformatiques :
- Un cluster traditionnel avec 500 cœurs pour 2 To de mémoire
- Un cloud privé avec 220 cœurs pourl’expérimentation : http://genocloud.genouest.org
- Un espace de stockage de 270 To (haute performance : 110 To et NFS : 160 To) pour le cluster, 30 To pour le cloud
Principales réalisations
La plateforme assure les développements de l’outil BioMAJ (http://biomaj.genouest.org) pour la mise à jour des banques de séquences.
Elle a déployé un premier environnement virtuel de recherche associant le portail collaboratif HubZero, l’environnement de gestion de métadonnées ISAtools et le portail Galaxy. Ces développements ont été réalisés dans le cadre du projet e-Biogenouest (https://www.e-biogenouest.org).
Certification / Assurance qualité
La plate-forme GenOuest est certifiée ISO9001 depuis mai 2008.
Responsables de la Plateforme
Olivier Collin
IRISA/INRIA Plateforme GenOuest
Campus de Beaulieu
35042 Rennes cedex, France
Contacts
Olivier Collin : olivier.collin@irisa.fr
02 99 84 72 78
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