Métagénomique
La métagénomique est un procédé méthodologique qui vise à étudier le microbiome. Le microbiome est l’ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, champignons, levures, plancton…) vivants dans un environnement spécifique (intestin, océan, sols, air, etc).
L’analyse métagénomique peut être réalisée selon 2 approches :
- par le séquençage d’un ou plusieurs gènes particuliers, appelé barcode/ etiquette, commun à plusieurs espèces. On parle alors de métagénomique ciblée ou metabarcoding.
- par le séquençage des génomes des organismes présents dans le milieu à analyser, sans distinction des espèces (bactéries, virus, champignons etc. …). On parle alors de metagénomique shotgun.
