Expertise

La plateforme soutient ses collaborateurs en leur donnant accès au séquençage à haut débit, avec une expertise particulière dans les applications de génomique fonctionnelle chez les eucaryotes :

● Transcriptomique : RNA-seq (faible entrée, long-read, cellule unique).
● Épigénomique/Epitranscriptomique : ChIP-seq, méthylation de l’ARN m6A.

Nous proposons aussi un service de séquençage  » ready-to-load » pour les utilisateurs qui réalisent eux même leurs banques.

Equipements

La plateforme dispose de :

• Séquençage : (short reads): NextSeq 2000 and NextSeq 500 (Illumina)
• Séquençage : (long reads): MinION and MinION Mk1C (Oxford Nanopore Technologies)
• Transcriptomique sue cellule unique : Chromium Controller (10x genomics)

Bioinformatique

● Analyse bioinformatique : pour les projets collaboratifs séquencés dans notre laboratoire, nous effectuons des contrôles de qualité, des analyses différentielles RNA-seq (y compris des conceptions complexes) sur les données Illumina et Nanopore, l’identification des isoformes (Nanopore), la détection de la méthylation m6A pour le séquençage direct de l’ARN (Nanopore) et le scRNA-seq à partir de Cell Ranger.
● Développement d’outils bioinformatiques :
○ Aozan – un pipeline automatisé de traitement des données post-séquençage.
■ Article : doi:10.1093/bioinformatics/btx154.
■ GitHub : https://github.com/GenomicParisCentre/aozan
○ ToulligQC – analyses de contrôle de qualité des runs Oxford Nanopore.
■ GitHub : https://github.com/GenomicParisCentre/toulligQC/
○ Eoulsan – un gestionnaire de workflow pour les analyses de transcriptomique, long-read et cellule unique.
■ Article original : doi:10.1093/bioinformatics/bts165
■ Mise à jour : doi.org/10.1101/2021.10.13.464219
■ GitHub : https://github.com/GenomicParisCentre/eoulsan

Développement

• Single-cell RNA-seq couplé avec du séquençage long-read ;
• Single-cell RNA-seq sur cellules fixées  (protocole ACME ).

Principales réalisations

Notre plateforme accueille des projets de taille moyenne sur plus de 20 espèces eucaryotes modèles ou non modèles, avec des thématiques principalement liés au développement, aux neurosciences et à la régulation génétique. Les projets auxquels nous collaborons sont souvent limités en termes de quantité de matériel de départ (low input), grâce auxquels nous avons développé une réelle expertise dans la gestion de ce type d’approches expérimentales.

Notre laboratoire a une expertise reconnue en transcriptomique Nanopore long-read, et nous avons organisé six sessions de formation en 2021 pour apprendre à utiliser un séquenceur MinION (wet-lab et bioinformatique).

Nous avons également une activité de développement d’outils bioinformatiques axée sur l’analyse, la traçabilité et le contrôle qualité automatisé des données. Nous avons développé des solutions innovantes (Eoulsan, Aozan et ToulliqQC), pérennes, et librement disponibles pour la communauté (code disponible sur GitHub avec des images Docker).

● Lehmann N, et al.. Eoulsan 2 : an efficient workflow manager for reproducible bulk, long-read and single-cell transcriptomics analyses. Bioarxiv (2021) doi.org/10.1101/2021.10.13.464219.
● Mazaré N, et al. La traduction locale dans les processus astrocytaires périsynaptiques est spécifique et change après le conditionnement à la peur. Cell Rep (2020) 32(8):108076. doi.org/10.1016/j.celrep.2020.108076.
● Fiorucci AS, et al. Arabidopsis S2Lb lie l’activité AtCOMPASS-like et SDG2 dans H3K4me3 indépendamment de la monoubiquitination de l’histone H2B. Genome Biol (2019) 20(1):100. doi : 10.1186/s13059-019-1705-4.
● Dardalhon-Cuménal D, et al.  Cyclin G et les complexes répressifs Polycomb PRC1 et PR-DUB coopèrent pour la stabilité du développement. PLOS Genetics 2018 14:7 doi.org/10.1371/journal.pgen.1007498.
● Benchouaia M, et al. La transcriptomique comparative met en évidence de nouvelles caractéristiques de la réponse à la privation de fer chez le pathogène humain Candida glabrata. Front Microbiol (2018) 9:2689. doi:10.3389/fmicb.2018.02689.

Mise à jour Nov 2021