Plateforme de séquençage LIGAN
Introduction
Localisée à l’Institut Européen de Génomique du Diabète (EGID) sur le site du CHRU de Lille, la plateforme lilloise Ligan est dédiée au séquençage de nouvelle génération (NGS) de l’exome, du génome et du transcriptome humain pour une médecine personnalisée, et inclut aussi d’autres technologies de pointe (génotypage, microfluidique…). La plateforme a développé une pléthore de protocoles adaptés à la recherche en génétique des maladies humaines. Ceci à des fins de diagnostic étiologique des maladies génétiques et de médecine personnalisée.
Les projets de la plateforme sont orientés sur le diabète, l’obésité, les maladies métaboliques associées et les maladies rares mais accepte tous types de projets scientifique dans la mesure où cela reste dans le domaine d’expertise et que les moyens le permettent.
LIGAN-PM est un outil de collaboration scientifique de haute expertise en génétique humaine et une plateforme de service ouverte aux organismes publics et privés.
L’équipe est constituée de plusieurs groupes : un groupe de biologistes pour le développement et l’application de protocoles, un groupe expérimenté en bioinformatique pour l’analyse des données à l’issue du séquençage, un groupe bio-statistique et un groupe pour le management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques et de stoker les données générées pendant la durée du projet, et au-delà.
Expertise
- Séquençae NGS (WGS, WES)
- Séquençage NGS d’exome amélioré avec une capture enrichie pour détecter finement les CNV
- Séquençage NGS d’ADN plus ciblé (panel de gènes)
- Séquençage NGS de l’ARN codant (mRNA) ou non-codant (miRNA/lncRNA)
- Séquençage NGS Shotgun metagenomics
- Séquençage NGS ChipSeq (histon, facteurs de transcription...)
- Séquençage NGS HiC
- Comptage des molécules d’ARN codant ou non-codant (technologie NanoString)
- PCR Digitale
- Génotypage par puce à ADN (étude GWAS)
Equipements
- Séquençage NGS : 1 MiSeq Illumina, 1 NextSeq 500 Illumina, 1 NovaSeq 6000 Illumina, iSeq100
- Autres technologies de pointe (hors NGS) : IScan Illumina, 3730xl DNA analyser, Biomark Fluidigm, NCounter NanoString, Viia 7 LifeTechnologies
- Robotique : STARlet Hamilton, Bravo Agilent, PerkinElmer Sciclone, Chemagic Prime – Perkin Elmer
- Autres : Covaris E220, LabChip GX PerkinElmer, Agilent 2100 Bioanalyzer system
Outils informatiques
- L’équipe NGS dispose de 3 espaces de stockage NAS de 30To chacun (réception des données de séquençage directement depuis les appareils)
- L’équipe Bioinfo dispose de 10 serveurs de Calcul DELL R9XX quadri-processeurs (ayant chacun un minimum de 512Go de RAM). L’ensemble comptabilise plus de 1000 coeurs, fonctionne sur un système ubuntu server et est regroupé dans un cluster docker.
- L’équipe Biostatistique dispose de 2 serveurs de Calcul DELL R920 quadri-processeurs (ayant chacun 512Go de RAM). L’ensemble comptabilise 220 coeurs, sous proxmox 4 découpés en container sous scientifique Linux 7.
Développements en cours
- développement d’une analyse ciblée de la conformation de la chromatine en 3D (SONICC)
- optimisation du séquençage du génome entier via de nouvelles préparations de librairie (notamment pour améliorer l’uniformité des quantités de séquence entre individus)
- optimisation du temps d’analyse du séquençage du génome entier via l’utilisation de cartes graphiques (GPU)
- automatisation via le Sciclone du dernier choix de librairie pour le séquençage exome/génome entier
Principales réalisations
- Bonnefond A, et al. Pathogenic variants in actionable MODY genes are associated with type 2 diabetes. Nat Metab. (2020) 2(10):1126-1134.
- Baron M, et al. Loss-of-function mutations in MRAP2 are pathogenic in hyperphagic obesity with hyperglycemia and hypertension. Nat Med. (2019) 25(11):1733-1738.
- 3/ Montagne L, et al. CoDE-seq, an augmented whole-exome sequencing, enables the accurate detection of CNVs and mutations in Mendelian obesity and intellectual disability. Mol Metab. (2018)13:1-9
- Canouil M, et al. Epigenome-Wide Association Study Reveals Methylation Loci Associated With Offspring Gestational Diabetes Mellitus Exposure and Maternal Methylome. Diabetes Care. (2021) dc202960.
- Saeed S, et al. Loss-of-function mutations in ADCY3 cause monogenic severe obesity. Nat Genet. (2018) 50(2):175-179.
Certification / Assurance qualité
Mise en place de la certification ISO 15189
Labels
Plateforme IBiSA
Partenariats
En plus de nos propres projets de recherche et des prestations, LIGAN-PM est partenaire de deux RHU : iMAP et PreciNASH ; LIGAN-PM est partenaire du labex Transimmunom ; l’unité est impliquée dans plusieurs projets IMI : DIRECT, RHAPSODY
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