Introduction

La plateforme GenomEast est hébergée à l’IGBMC (CNRS / Université de Strasbourg / INSERM). Forts d’une expérience de plus de 15 ans, nous proposons une large gamme de services pour étudier les génomes, leur expression et leur régulation, depuis le contrôle qualité du matériel de départ jusqu’à l’analyse des données. Ces services sont destinés à l’ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.

Equipements

Bioinformatique

Support personnalisé aux porteurs de projets pour l’analyse de leurs données (ChIP-seq, RNA-seq, small RNA-seq, DNA-seq, ATAC-seq, MEDIP-seq), allant de l’analyse primaire à un large éventail d’analyses secondaires, à travers une collaboration avec les porteurs de projets. Nous avons notamment développé des pipelines dédiés à l’analyse primaire ainsi qu’à l’analyse des données de DNA-seq, RNA-seq et ChIP-seq, en utilisant des outils publiques ou développés par la plateforme.

Organisation et animation régulière de formations en analyse de données de séquençage haut débit.

Principales réalisations

Au cours des trois dernières années, la plateforme a travaillé sur environ 300 projets/an (correspondant chaque année à plus de 3 000 banques séquencées, plus de 1 500 banques RNA-seq et plus de 500 banques ChIP-seq préparées), et les bioinformaticiens de la plateforme ont analysé chaque année environ 150 projets.

Les membres de la plateforme sont co-auteurs de 51 publications au cours des trois dernières années (principalement sur des projets ChIP-seq, RNA-seq, DNA-seq ou sur l’analyse intégrative de données provenant de plusieurs applications). Cinq d’entre elles sont énumérées ci-dessous :

Ibrahim A, et al. MeCP2 est une protéine de liaison aux microsatellites qui protège les répétitions CA de l’invasion des nucléosomes. Science (2021) 372(6549):eabd5581.

Abu El Maaty MA, et al. Les analyses unicellulaires révèlent les réponses spécifiques du type de cellule à un analogue de la vitamine D dans les lésions précancéreuses de la prostate. Science Advances (2021) 7(31):eabg5982.

Zhang J, et al. Les actions séquentielles d’EOMES et de T-BET favorisent la maturation progressive des cellules tueuses naturelles. Nature Communications (2021)12(1):5446.

Vernet N, et al. La méiose se produit normalement dans l’ovaire fœtal de souris dépourvues de tous les récepteurs de l’acide rétinoïque. Science Advances (2020) 6(21):eaaz1139.

Florian RT, et al. Les expansions instables TTTTA/TTTCA dans MARCH6 sont associées à l’épilepsie myoclonique adulte familiale de type 3. Nature Communications (2019) 10(1):4919.

Mise à jour Nov 2021