Analyses bio-informatiques

La plateforme génomique de Toulouse en partenariat avec la plateforme bio-informatique GenoToul de Toulouse a développé un site de mise à disposition des données brutes (nG6 : https://ng6.toulouse.inra.fr/).  Après séquençage, sont disponibles sur le site nG6 :

• les séquences brutes et des qualités associées au format fastq, pendant 3 mois sur un espace de stockage sauvegardé
• l’analyse primaire (rapport de séquençage et contrôle qualité (fastQC), recherche de contaminants).
• l’alignement des lectures contre une séquence de référence (si applicable) et analyse du taux d’alignement par position.

GeT-PlaGe propose par la suite d’accompagner les équipes de recherche pour l’assemblage de petits génomes à partir de lectures longues, et ce, de la définition du projet au rendu du résultat (assemblage et métriques sur la qualité de l’assemblage). GeT-PlaGe met aussi à disposition de ses utilisateurs un parc d’ordinateurs disposant des logiciels permettant d’analyser les données qui sont produites sur ses appareils (hors NGS). Les logiciels permettant l’analyse des données NGS sont disponibles sur l’infrastructure de la plateforme bioinformatique.

L’avenir à GeT-PlaGe

Pour répondre à la demande des équipes de recherche des domaines de l’agronomie et de l’environnement, GeT-PlaGe et la plateforme bio-informatique ont monté le projet SeqOccIn (Projet Région FEDER 2019-2022) pour le développement de nouvelles méthodologies. La plateforme dispose par ailleurs de budgets adéquats permettant d’investir très rapidement dans de nouvelles technologies lorsque celles-ci arrivent sur le marché. Une extension de son bâtiment actuel devrait voir le jour d’ici 3ans.

A terme, de nouvelles expertises seront accessibles à l’ensemble de la communauté, voici une liste non exhaustive :

• Séquençage d’ARN direct via la technologie Long reads ONT
• Extraction d’ADN de haut poids moléculaire
• Epigénétique sur ADN et ARN natifs
• Choix des combinaisons de technologies en vue d’obtenir les meilleurs assemblages de génomes de novo
• EM-seq pour remplacer la conversion bisulfite
• TELL-seq pour remplacer l’application linked-reads de 10X Genomics
• Nouveau PromethION ONT permettant de proposer la technologie Q20+
• Sparse-sequencing pour un génotypage à moindre coût
• Métagénomique (Shotgun & métabarcoding) long read

Principales réalisations

Medugorac et al. Whole-genome analysis of introgressive hybridization and characterization of the bovine legacy of Mongolian yaks. Nature Genetics, 2017. https://doi.org/10.1038/ng.3775

Badouin et al. The sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution. Nature, 2017. https://doi.org/10.1038/nature22380

Pecrix et al. Whole-genome landscape of Medicago truncatula symbiotic genes. Nature Plants, 2018. https://doi.org/10.1038/s41477-018-0286-7

Raymond et al. The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses. Nature Genetics, 2018. https://doi.org/10.1038/s41588-018-0110-3

Groppi et al. Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events. Nature Communications, 2021. https://doi.org/10.1038/s41467-021-24283-6