Cartographie des contacts cis et trans de la chromatine : HiC-seq
L’étude de la conformation 3D de la chromatine et des régions d’interaction cis (intra chromosome) et trans (inter chromosome) permet l’identification de domaines topologiques (TADs). Les TADs ne sont pas que des compartiments structuraux de la chromatine mais aussi des régions de réplication de l’ADN et de régulation du génome (Lupiáñez et al. 2015).
La méthode HiC-seq est basée sur l’immobilisation de la conformation de la chromatine et le séquençage des régions d’interaction, ce qui permet d’avoir une image de l’activité des TADs à un temps donné.
La chromatine est figée dans sa conformation 3D avec du formaldéhyde (crosslinking). L’ADN est fragmenté par digestion enzymatique (HindIII), les extrémités cohésives des sites de restriction sont comblées avec des nucléotides biotinilés. Après ligation des nouvelles extrémités franches, une purification sur billes streptavidine permet d’isoler spécifiquement l’ADN des régions d’interactions.
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