Cartographie des sites des interactions ARN- protéines : CLIP seq
L’analyse des interactions ARN-protéines permet de mieux comprendre le devenir post transcriptionnel des ARNs (leur stabilité, leur localisation , leur transport, leur niveau/efficacité de traduction etc. ). CLIP Seq (Crosss-Linking ImmunoPrecipitation Sequencing) est une méthode utilisée pour l’identification des sites cibles pour la liaison des protéines (RBP) sur l’ARN. Cette technologie combine l’immunoprécipitation de RBPs d’intérêt et le séquençage haut débit de l’ARN.
Le principe de la méthode consiste à fixer de façon covalente par irradiation aux ultra violets ou réaction enzymatique, les protéines RBPs à l’ARN. Après lyse cellulaire, les complexes ARN-protéines sont isolés par immunoprécipitation en présence des anticorps d’intérêt. L’étape suivante consiste à éliminer les fragments libres d’ARN par digestion par une RNase. Après ligation des adaptateurs, élimination des protéines et purification , les sites d’interaction avec les RBPS sont séquencés par RNAseq.
Ce protocole complexe est détaillé dans C.Y. Flora et al. 2018
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