Cartographie des marques épigénétiques de l’ADN : MeDIP
Les modifications de l’ADN sont des processus épigénétiques. Parmi elles, la méthylation des cytosines (5mC) localisées dans des sites CpG ou des îlots CpG proches des régions promotrices de la transcription. L’état de méthylation de ces loci va réprimer l’expression des gènes en interférant sur la liaison du facteur de transcription ou en modifiant la structure de la chromatine. La comparaison des profils MeDIP (Methylated DNA Immunoprecipitation) entre 2 échantillons permet d’évaluer le rôle de la méthylation de l’ADN sur certaines conditions pathologiques (cancer).
L’analyse de l’état de méthylation du génome entier est obtenue avec le séquençage de banques MeDIP. L’ADN est fragmenté par ultrasons , indexé (adaptateurs de séquençage) puis incubé en présence d’anticorps anti-5mC fixés à des billes magnétiques. Les complexes bille-anticorps-fragments méthylés sont isolés des fragments peu ou pas méthylés (immunoprecipitation). L’échantillon enrichi en régions méthylées peut alors être analysé par séquençage.
Pour une meilleure reproductibilité, l’usage d’un robot est recommandé pour réaliser les banques MeDIP.
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