Plateforme de bio-informatique d’Evry
La plateforme MicroScope est une infrastructure informatique dédiée à l’annotation et l’analyse comparative de génomes ou méta-génomes de microorganismes.
Expertise
- Développement d’outils destinés à l’annotation, à la génomique et au métabolisme comparatifs de génomes microbiens (bactéries et archées)
- Organisation et gestion des données génomiques et métaboliques dans des structures de bases de données
- Développement d’interfaces Web pour les outils et la plateforme MicroScope
- Annotation de génomes nouvellement séquencés et ré-annotation de génomes
- Traitement de données NGS : projets polymorphisme (SNP) et transcriptomique (RNA-seq)
- Formation à l’annotation et à l’analyse comparative de données génomiques et métaboliques
Le service est ouvert à la communauté scientifique (www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/about/services.php) et plusieurs types de projets peuvent faire l’objet de services : Genome, Métagénome, RNA-seq et évolution.
Equipements
MicroScope bénéficie de l’infrastructure informatique du Genoscope et dispose de :
- stockage NAS (30 To) avec sauvegarde et archivage
- un cluster de calcul (200 cœurs)
- deux serveurs de base de données
- un serveur Web
Principales réalisations
Environ 4000 génomes microbiens annotés depuis 2002 avec actuellement un rythme d’intégration de 5 nouveaux génomes par jour.
MicroScope accompagne plus de 350 utilisateurs actifs par mois (2500 comptes utilisateurs, 1700 visiteurs uniques et 3900 annotations expertes par mois en 2014).
MicroScope a été citée plus de 450 fois depuis 2006. Au cours des 5 dernières années, une centaine de publications collaboratives ont été publiées.
Certification / Assurance qualité
Le LABGeM est certifié ISO 9001 : 2008 depuis janvier 2012 et NF X50-900 depuis janvier 2015. Ce certificat s’applique aux activités de recherche, développements et prestations de service.
Labels
La plate-forme MicroScope est labellisée IBISA depuis 2006.
Responsables de la Plateforme
Claudine Médigue
David Vallenet
UMR CEA/CNRS UMR 8030/université d’Evry-Val-d’Essonne
LABGeM
CEA / Institut de Génomique / Genoscope
2, rue Gaston Crémieux 91057 EVRY Cedex – FRANCE
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