Plateforme de bio-informatique de Lyon
Le PRABI est une plateforme du Reseau National de Bioinformatique (RENABI). Les composantes PRABI-Doua et PRABI-Analyses et modélisation- sont spécialisées dans l’analyse des données génomiques, transcriptomiques et métagénomiques, avec une prise en compte forte des aspects écologiques et évolutifs.
Equipements
Le PRABI-Doua / LBBE est équipé d’un cluster de calcul de 14 nœuds comprenant 576 cœurs et totalisant 3 To de mémoire vive. Capacité de stockage performant : 130 To.
Une partie de ces ressources est mise à disposition du projet d’infrastructure distribuée (grille de calcul) pour la biologie GRISBI.
Principales réalisations
Mise à disposition de banques de données biologiques : ACNUC (séquences), HOVERGEN, HOGENOM (familles de gènes), PRODOM (famille de domaines protéiques)
Principaux outils : QUERY (interrogation de banques), Seaview (alignement et phylogénie), ADE4 (package R d’analyses de données).
Le PRABI-Doua est un acteur majeur du projet ANCESTROME.
Le PRABI-Analyses et modélisation- intervient régulièrement dans le cadre d’ANR pour l’analyse de données de microarrays, l’annotation et l’analyse de données de séquences haut-débit (génomique et métagénomique).
Actions de formation en phylogénie, statistiques avec R, analyse de données NGS.
Labels
IBISA
Responsables de la Plateforme
Dr Vincent Navratil
PRABI
Université Claude Bernard Lyon1,
Campus scientifique de la Doua,
69622 Villeurbanne cedex
Une partie des membres du PRABI est rattachée au Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (UMR5558 CNRS-Univ.Lyon1)
Contacts
Vincent Navratil : navratil@prabi.fr
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