Plateforme de séquençage haut débit de l’I2BC
La plateforme de Séquençage à haut débit a été créée en janvier 2010 et est accessible à tous les utilisateurs académiques et industriels. Elle prend en charge l’intégralité de la prestation, de la préparation des librairies et du séquençage à l’analyse primaire des données.
Elle propose à ses utilisateurs une large gamme de techniques pour la préparation de banques ADN et ARN et leur séquençage.
Elle propose également des analyses bioinformatiques : cartographie et divers types d’analyses qui sont définies en accord avec les utilisateurs au début de chaque projet.
Dans certains cas, pour des projets plus complexes, une collaboration peut être mise en place.
Expertise
L’expertise de la plateforme couvre différents domaines en biologie moléculaire et bioinformatique :
Construction de banques Illumina
* DNA-seq, ChIP-seq
* RNA-seq
* small RNA-seq, miRNA-seq
* Banques single cell (10X Genomics)
* Protocoles personnalisés en fonction de besoins spécifiques
Construction de banques Nanopore (projets collaboratifs)
* DNA-seq
* RNA-seq (ARN direct)
* RNA-seq (cDNA)
* Protocoles personnalisés en fonction de besoins spécifiques
Séquençage :
* Oxford Nanopore Technologies (ONT) : GridION
* Illumina : NextSeq
Equipements
* 3 séquenceurs Illumina : NextSeq 500, NextSeq 550 ;
* 1 séquenceur Oxford Nanopore Technologies : GridION ;
* Chromium controller – 10X Genomics ;
* Bioanalyzer, Qubit ;
* Cluster de calcul (I2BC) ;
* 2 stations de travail ;
* Deux serveurs de sauvegarde de l’I2BC (en back-up) localisés dans des bâtiments séparés.
Analyses bio-informatiques
Analyses bioinformatiques
* Assemblage de génome :
=> Illumina
=> ONT
=> Illumina + ONT (hybride)
* Recherche de variants génomiques : SNP, indels, remaniements chromosomiques
* Expression différentielle de gènes
* Analyse single cell RNA-Seq
* Détection de bases modifiées par séquençage ONT (en développement)
* Analyses personnalisées en fonction des demandes des utilisateurs
Principales réalisations
Certification / Assurance qualité
Nous sommes actuellement investis dans la démarche qualité ISO 9001
Labels
La plateforme est labellisée IBiSA
Responsables de la Plateforme
Responsable scientifique:
Céline HERNANDEZ (depuis le 01/01/2021)
Responsable technique pour la Biologie Moléculaire :
Erwin VAN DIJK
Responsable technique pour la Bioinformatique :
Delphine NAQUIN
Plateforme de Séquençage à Haut Débit
I2BC – UMR9198
CNRS, Bât. 26
Avenue de la Terrasse
91198 Gif-sur-Yvette
France
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