La plateforme technologique Biomics est une structure appartenant au Centre de Ressources et Recherche Technologiques (C2RT) de l’Institut Pasteur. Cette structure est dédiée au séquençage de nouvelle génération et propose des technologies de séquençage long-read et short-read. La mission de la plateforme Biomics est de faciliter la découverte scientifique au sein du Réseau International des Institut Pasteur (RIIP). Biomics travaille aussi pour des équipes de recherche hors du RIIP et avec le secteur privé. Biomics accepte à la fois des projets de service et de collaboration et travaille en étroite collaboration avec le Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI) et la Direction des Systèmes d’Information (DSI) pour fournir des solutions d’analyse et de stockage de données pour les chercheurs.

Notre site web dédié, https://biomics.pasteur.fr, vous permet de :

• Soumettre un projet
• Poser des questions (prix, délai, dépôt de financement…)
• Suivre l’état d’avancement de votre projet
• Avoir des informations sur les prestations

Expertise

La plateforme technologique Biomics propose un panel très large de technologies utilisant le séquençage haut débit : reséquençage, séquençage de novo, séquençage après capture, recherche de variants structuraux, recherche et caractérisation de nouveaux agents infectieux, analyse du transcriptome et de l’épigénome (ChIP-seq).

Voici quelques exemples de ce que nous proposons (Procaryotes, Eucaryotes et Virus) :

1. Technologie : Short-Reads (Illumina), Long-Reads (PacBio et Nanopore)
2. DNA-Seq : Séquençage de novo et ciblé
3. RNA-Seq : Analyse transcriptionnelle
4. Métagénomique : Études par séquençage ciblé (16S, 18S, ITS) ou aléatoire (Shotgun)
5. Bioinformatique : Analyse de données de séquençage (Variant, Assemblage, études transcriptomique…)

Equipements

Principales réalisations

La plateforme technologique Biomics réalise plus de 150 projets annuellement provenant de 89 équipes de recherches différentes. La microbiologie et les maladies infectieuses constituent ses domaines majeurs d’activité. En chiffre, les projets sont constitués de 50% de génomique (DNA-Seq), 30% de transcriptomique (RNA-Seq) et 20% de métagénomique (16S ou Shotgun). En 2020, nous avons séquencé près de 12 000 échantillons en plus de 400 passages de séquençage représentant 24 Tera-bases. La plateforme est certifiée par le système de gestion de la qualité de la norme ISO 9001 avec un objectif de satisfaction du client et est membre du consortium ISIBA.

How Did Institut Pasteur’s NGS Core Facility, Biomics, Manage the Coronavirus Disease 2019 Crisis? J Biomol Tech 2021. PMID: 34140839

COVID-19-related anosmia is associated with viral persistence and inflammation in human olfactory epithelium and brain infection in hamsters. Sci. Transl Med. 2021. PMID: 33941622

TbD1 deletion as a driver of the evolutionary success of modern epidemic Mycobacterium tuberculosis lineages. Nature Com. 2020. PMID: 32019932

SHAMAN: a user-friendly website for metataxonomic analysis from raw reads to statistical analysis. BMC Bioinformatics 2020. PMID: 32778056

Sequana coverage: detection and characterization of genomic variations using running median and mixture models. Gigascience 2018. PMID: 30192951