La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux est une structure académique spécialisée en séquençage et génotypage. Elle est née de la volonté de l’Université de Bordeaux et de l’INRA de mutualiser des compétences, des moyens technologiques et humains au service de la communauté scientifique. Membre de France Génomique, elle fait partie d’un réseau de sept plateformes technologiques intégrées dans le Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB), et elle est une composante de l’Infrastructure de Recherche Distribuée Génomique de l’INRA en cours de construction et qui fédère les quatre plateformes INRA dans le domaine de la génomique.

Dans le domaine de la génomique, la PGTB a pour vocation de satisfaire les besoins en génotypage et en séquençage liés aux activités de recherche des laboratoires, et d’être un centre ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique académique (INRA, CNRS, INSERM, IFREMER, CHU, Universités…) et aux acteurs industriels. Elle apporte ses services et son savoir-faire pour des projets régionaux, nationaux et internationaux dans des domaines aussi variés que la santé, l’agronomie ou l’environnement.

Expertise

Equipements

Séquençage

La PGTB propose différentes solutions de séquençage pour un large éventail d’applications : transcriptomique, métagénomique ciblée, séquençage de novo, reséquençage et séquençage ciblé (capture). Les projets sont réalisés sur séquenceurs short-reads Illumina® et sur séquenceur long-reads GridION (Oxford Nanopore Technologies), pour lequel la PGTB est « Nanopore Service Certified ».

La PGTB dispose également d’un Fluidigm® Access Array System 48.48 permettant le reséquençage d’amplicons (jusqu’à 480 échantillons) en combinaison avec le MiSeq.

Génotypage

Le MassARRAY® System (Agena Bioscience™), permet d’analyser des SNP di, tri et tétra-alléliques ainsi que des INDEL (jusqu’à 40 pb). Différentes combinaisons sont possibles : 40 SNP sur 380 échantillons, 80 SNP sur 190 échantillons, et 160 SNP sur 95 échantillons.

Quantification & Robotique

Une qPCR Roche® LC480 II et une Droplet Digital PCR QX200 (Bio-Rad®) sont disponibles pour la détection et la quantification absolue de copies en faibles quantités.

La PGTB dispose d’un robot ChemagicSTAR (Hamilton) équipé d’une tête 96 pipettes et de 8 pipettes individuelles. Ce robot peut diluer, réarranger et pooler des échantillons, amorces et produits de PCR en plaques 96 et 384. Il peut également distribuer les mix PCR et qPCR en plaques 96 et 384. Egalement, un Dragonfly (TTP Labtech) est disponible pour une distribution ultra-rapide et sans contact des mix.

Laboratoire confiné

Ce laboratoire est équipé de salles propres à air filtré, pression positive et radiations UV. Il est dédié à l’étude de l’ADN environnemental et d’échantillons « sensibles » (bois, herbier…). Il dispose d’un équipement complet en biologie moléculaire, et de plusieurs salles pour la préparation des échantillons, les extractions d’ADN et les préparations des PCR.

Principales réalisations

Environ 100 projets réalisés chaque année depuis 2009 dans les domaines du séquençage et du génotypage. La PGTB apporte ses services et son savoir-faire pour des projets régionaux, nationaux et internationaux dans des domaines aussi variés que la santé, la recherche forestière, la vigne et le vin, la microbiologie, l’agronomie et l’environnement