Equipments

Bioinformatics analysis

The Nice platform offers the following services: Raw sequence data (.csfasta) + quality scores (_QV.qual) upon request + sequence and control quality reports (FastQC) including:

• checks for contamination (barcodes, adapters, rRNA…).
• data filtering and cleaning, and generation of various summary tables.
• alignment of reads against a reference sequence (STAR, bowtie2, lifescope).

DNA analysis

• Search/annotation of SNPs and INDELs (gene involved, change of amino acid, consequence (nonsense, coding…), Swissprot identification, gene description, dbSNP hg19 link to rs, 1000genomes / MAF, functional predictions in dbSNPFv2.0 for non-synonymous coding, complete genomics, link to the NCBI gene, link to OMIM, position type (exon/ intron position, HGVS nomenclature, genomic/transcrip/prot) (ionTorrent server)
• ChIP-Seq: Search for binding sites (transcription factors), histone marks, pol-II (MACS2, HOMER, Meme),
• De novo assembly (genomes < 50 MB ; Abyss, Spades, Velvet, SOAP)

RNA analysis

• RNA-Seq, analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison des contrastes) (DESeq2, package R bioconductor), annotation des résultats. Production d’un rapport d’expérience au format PDF/HTML permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
• SmallRNA-Seq : identification des espèces séquencées (miRNAs, piRNAs, snoRNAs, tRFs, ensembl ncRNAs, fRNAdb) via un pipeline standardisé faisant suite à un mapping en 2 phases STAR puis Bowtie2, détection et annotation des zones d’expressions non annotées (MACS2), analyse d’expression différentielle (normalisation et comparaison des contrastes) (DESeq2, package R bioconductor), annotation des résultats. Fourniture d’un rapport d’expérience au format PDF permettant la synthèse générale des contrôles qualités de l’expérience et de l’analyse de l’expression différentielle
• RNA-Seq de novo (normalisation khmer et assemblage trinity)
• RNA-seq single cell sur Ion Torrent Proton avec UMI, après isolement des cellules.

Les résultats sont stockés automatiquement on the information portal of the Médiante. Cela concerne notamment les fichiers .BAM d’alignement, les fichiers. BW de couverture et l’ensemble des fichiers de l’analyse secondaire et des analyses statistiques conduites en partenariat avec le collaborateur. Sur demande l’ensemble des données brutes sont également mises à disposition et une aide est fournit pour la soumission des données vers la base de données publiques GEO (Gene Expression Omnibus).