seqMINER: un logiciel pour l’interprétation et l’intégration de données de ChIP-seq
Le logiciel seqMINER permet d’établir des corrélations qualitatives et quantitatives entre plusieurs jeux de données de ChIP-seq. seqMINER peut gérer la complexité de la plupart des situations expérimentales et propose des méthodes pour la classification des données en fonction des profils. Grâce à plusieurs types de représentations graphiques interactives, seqMINER permet la visualisation et la modélisation de propriétés générales ou spécifiques des données analysées.
seqMINER: an integrated ChIP-seq data interpretation platform. Ye T, Krebs AR, Choukrallah MA, Keime C, Plewniak F, Davidson I, Tora L. Nucleic Acids Res. 2011;39(6):e35.
Interpreting and visualizing ChIP-seq data with the seqMINER software. Ye T, Ravens S, Krebs AR, Tora L. Methods Mol Biol. 2014;1150:141-52.
Disponibilité et implémentation : seqMINER est implémenté en Java, adapté pour tous les systèmes possédant un environnement JAVA, et distribué sous licence GPLv3.
Site web : http://bips.u-strasbg.fr/seqminer
Le code source de seqMINER est disponible sur sourceforge:
https://sourceforge.net/projects/seqminer/
Contact: yetao@igbmc.fr
