Le projet IRIGIN (International RIce Genomic INitiative) est la contribution française au programme de séquençage massif des riz, initié par l’IRRI (International Rice Research Institut, Philippines, centre du CGIAR) et le BGI (Beijin Genomic Institut, Chine) par le séquençage de 3000 variétés de riz asiatique. IRIGIN est coordonné par l’IRD, en collaboration avec le CIRAD, le CIAT (Colombie, centre du CGIAR) et AfricaRice (organisme panAfricain du CGIAR), le tout au sein du Mégaprogramme GRiSP (Global Rice Science Partnership, CGIAR).
IRIGIN est ciblé sur le séquençage de matériel d’iintérêt agronomique et évolutif, tels que les riz africains, les NAMs (Nested Association Mapping populations, créées pour optimiser la découverte de gènes), ou les populations de sélection génomique. Ce n’est pas moins de 7000 lignées qui seront séquencées, avec des couvertures de 1 à 35x, pour un total de 17000 fois le génome du riz. Les nombreux attendus de ce projet ambitieux sont, de manière non-exhaustive:
– la découverte de gènes d’intérêt,
– l’optimisation des sélections au champs pour produire plus rapidement des variétés aptes à résister au changement climatique,
– la compréhension de la structure du génome globale d’une espèce entière et des modifications subies suite à une spéciation,
– l’identification des mécanismes à la base des syndromes de dédomestication,
– et bien d’autres encore…
Les données produites, une fois traitées, seront disponibles sous licence Open Source pour l’intégralité de la communauté scientifique, sur le site http://irigin.org.
Publications :
- Philippe Cubry et al. Genome Wide Association Study Pinpoints Key Agronomic QTLs in African Rice Oryza glaberrima Rice 2020, vol. 13, issue 1
- Mathias Lorieux et al. NOISYmputer: genotype imputation in bi-parental populations for noisy low-coverage next-generation sequencing data 2019. BioRXiv, 1–10.
- Philippe Cubry et al. The Rise and Fall of African Rice Cultivation Revealed by Analysis of 246 New Genomes Current Biology 2018 28(14)
- Delphine Mieulet et al. Unleashing meiotic crossovers in crops Nature Plants 2018, vol. 4, issue 12
- Cécile Monat et al. De novo assemblies of three Oryza glaberrima accessions provide first insights about pan-genome of african rices. Genome Biol Evol. (2017) Jan 1. 9(1):1-6.
- Gustave Djedatin et al. DuplicationDetector , a light weight tool for duplication detection using NGS data Current Plant Biology 2017, vol. 9-10
- Fragoso CA. et al. Genetic architecture of a rice nested association mapping population. G3 (2017) Jun. 7(6):1913-1926.
- Cécile Monat et al. TOGGLE: toolbox for generic NGS analyses BMC Bioinformatics 2015, vol. 16, issue 1 doi: 10.1186/s12859-015-0795-6